"살고싶다면 걷지말고 뛰어!" 731부대의 비밀프로젝트를 손에 넣기 위한 쫓고 쫓기는 추격전이 시작된다! '자살신드롬'으로 불리는 연쇄살인사건이 전편에서 동시다발로 발생하고 사건을 조사하던 필립과 청하는 행방이 묘연하다. 한 편, 위기해 처한 청하에게 결정적인 단서를 전달했던 청년경찰 재혁은 일본의 경찰과 미국에서 급파된 킬러에게 영문도 모른채 쫓기는 신세가 된다. 재혁은 일방적으로 전화를 걸어오는 어느 여성의 정보에 의지해 위기를 모면하지만 상황이 진전될 수록 자신의 의지와는 상관없이 점차 사건의 중심으로 다가가게 되고... 같은 시각 북한 평양의 한 병원에서는 죽은 시체의 세포가 되살아나는 기현상을 발견한 여의사가 당국에 쫓겨 남한으로 내려오게 되는데... 과연 청년경찰 재혁이 갖고 있는 사건의 열쇠는 무엇일까? 미국에서 급파된 냉혹한 킬러는 왜 그를 쫓는 것일까? 일본의 외사경찰은 왜 한국의 ‘자실신드롬’을 수사하는 것일까? 북한은 왜 일본군 비밀프로젝트의 진실을 숨기려 하는 것일까? <13일의 금요일:음모론의 시작>에 이은 속편! <악의제국: 13일의금요일 챕터2>가 시작된다.